گانتز، در سال ۱۹۹۹ نیز فرماندهی عملیات اشغال جنوب لبنان به عهده او بود و هم او بود که پسازاینکه ارتش اسرائیل در سال ۲۰۰۰ مجبور به عقبنشینی از جنوب لبنان شد.