مسجد شجره به فاصله ۳ کیلومتری شهر مدینه در مجاورت بزرگراه مدینه به مکه واقع شده است. درباره علت نامگذاری مسجد شجره به معنای درخت، به بستن احرام و اقامه نماز توسط رسول مکرم اسلام زیر درختی به نام «سَمَره» واقع در این محل اشاره شده است.
زائران مدینه اول حج 97 پس از 6 روز اقامت در مدینه منوره در مسجد شجره مُحرم شده و به سمت مکه مکرمه حرکت میکنند.
زائران ایرانی حج 97 پس از خروج از مدینه منوره، در مسجد شجره مُحرم شده و لبیکگویان عازم مکه مکرمه شدند.