حضرت آیتالله خامنهای به مناسبت ارتحال این فقیه عالیقدر پیام تسلیتی مرقوم فرمودند که در بخشی از آن آمده است: «نوشتهئی متین در باب حکومت اسلامی مانند دیگر نوشتجات فقهی و اصولی از یادگارهای برجسته ایشان است.»
مراسم ترحیم آیت الله خلخالی با حضور اقشار مختلف مردم و مسئولان در رواق امام خمینی(ره) حرم مطهر امام هشتم(ع) برگزار شد.
در پیام رهبرانقلاب آمده است: ایشان فقیهی عالیقدر و مدرّسی بزرگ بودند و خدمات دینی و علمی با ارزشی به حوزههای علمیه و به محیط دینی کشور ارائه کردند.