مسجد شجره به فاصله ۳ کیلومتری شهر مدینه در مجاورت بزرگراه مدینه به مکه واقع شده است. درباره علت نامگذاری مسجد شجره به معنای درخت، به بستن احرام و اقامه نماز توسط رسول مکرم اسلام زیر درختی به نام «سَمَره» واقع در این محل اشاره شده است.