موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(س) اعلام کرد که وزارت اطلاعات در پاسخ رسمی به استعلام این موسسه وجود هرگونه سندی در باره ترور بیولوژیک حضرت امام خمینی (س) را قاطعانه تکذیب کرده و شخص آقای نقاشیان هم ضمن اشاره به اینکه آنچه مطرح کرده است صرفا یک احتمال ابتدایی بوده که دلیل روشنی برای اثبات آن موجود نیست، در ضمن مصاحبه ای که منتشر می شود ادعای خود را تصحیح کرده است.
سایت جماران با حذف بخشی از بیانات امام راحل مدعی شد که بنیانگذار کبیر انقلاب اسلامی موافق تجمعات خیابانی بیقید و شرط بوده است!
طی سالهای اخیر عملکرد موسسه تنظیم و نشر آثار امام بیحاشیه نبوده، اگرچه منتقدان معتقدند این عملکرد را بیش از هرچیز میتوان بیعملی خواند. سکوت در برابر شبهات ایجادشده در برابر سیره و مشی بنیانگذار کبیر انقلاب از طرفی و نشر حداقلی و دوری از قالبهای روز در نشر آثار امام از طرفی دیگر از سری انتقادات به رویه این موسسه است.