هنگامی که بازگشت حضرت امام خمینی(ره) به ایران حتمی شد، محمد بروجردی به عنوان مسئول حفاظت حضرت امام (ره) از طرف شهید بهشتی و شهید عراقی انتخاب شد و در طول مسیر با عشق و علاقهای قلبی به این کار مبادرت ورزید و در مدرسه رفاه نیز در آن دوران حساس، به عنوان مسئول حفاظت، ایفای نقش نمود.